Bourdain kết hôn với bạn gái thời trung học của mình, Nancy Putkoski, vào năm 1985, và họ vẫn ở bên nhau hai thập kỷ, ly dị vào năm 2005.  Vào ngày 20 tháng 4 năm 2007, anh kết hôn với Ottavia Busia, một võ sĩ hỗn hợp .  Con gái của cặp vợ chồng, Ariane, sinh năm 2007  Bourdain nói rằng phải xa gia đình 250 ngày một năm để làm việc trên các chương trình truyền hình của mình là một sự căng thẳng.  Busia xuất hiện trong một số tập phim Không đặt trước , đáng chú ý là những người ở nơi sinh của cô là Sardinia , Tuscany, Rome, Rio de Janeiro và Naples. Cặp đôi ly thân vào năm 2016. Năm 2017, Bourdain bắt đầu hẹn hò với nữ diễn viên người Ý Asia Argento , người mà anh gặp khi cô xuất hiện trong tập phim Rome của phần Unknown Unknown .

Bourdain đã luyện tập võ thuật Brazil jiu-jitsu , kiếm được đai xanh vào tháng 8 năm 2015.  Anh đã giành được vàng tại Giải vô địch quốc tế mùa xuân IBJJF New York năm 2016, ở giải Middle Middle Master 5 (51 tuổi trở lên).

Bourdain được biết đến là một người nghiện thuốc lá nặng. Trong một cái gật đầu với thói quen hút thuốc lá hai gói một ngày của Bourdain, Thomas Keller đã từng phục vụ anh ta một thực đơn nếm thử 20 món bao gồm một ly cà phê và thuốc lá giữa bữa ăn, một ly cà phê pha với thuốc lá, với một chiếc kẹo mút foie gras .  Bourdain ngừng hút thuốc vào năm 2007 vì con gái.

Một người từng sử dụng cocaine , heroin và LSD , Bourdain đã viết trên Kitchen Confingu về trải nghiệm của anh ta trong một nhà hàng SoHo thời thượng năm 1981, nơi anh ta và bạn bè của anh ta thường rất cao. Bourdain cho biết ma túy ảnh hưởng đến quyết định của anh ta và anh ta đã gửi một chàng trai bận rộn đến Thành phố Alphabet để lấy cần sa, methaquater , cocaine, LSD, nấm psilocybin, secobarbital, tuinal, amphetamine, codein và heroin.